Năm 1197, Thôi Trung Hiến phế truất Cao Ly Minh Tông, giam ông tại Xương Lạc cung, đày Thái tử Vương Ngô (Cao Ly Khang Tông sau này) ra đảo Giang Hoa. Trung Hiến lại đưa Vương Trác lên ngôi, tức Cao Ly Thần Tông, em của Nghị Tông và Minh Tông. Thời kỳ Thôi thị chính quyền bắt đầu.

Cùng năm đó, Trung Túy vì muốn con gái mình thành hôn với thái tử Vương Anh nên ông đã phế truất Thái tử phi đương thời. Trung Hiến không đồng ý việc này nên đã ra tay can thiệp, dẫn đến một cuộc xung đột giữa anh em nhà họ Thôi. Trung Túy đại bại, và đã bị lính của Trung Hiến chém đầu. Ông đã bật khóc khi thấy đầu của người em trai, và đã tổ chức tang lễ cho Túy một cách trọng thể.

Một số sử liệu ghi rằng, trước lúc lâm chung, Thần Tông đã van xin Thôi Trung Hiến cho phép thái tử của ông lên ngôi và không diệt bỏ vương triều Cao Ly. Lời thỉnh cầu được nhấp nhận, Thần Tông băng hà sau đó không lâu (1204). Theo di mệnh, Trung Hiến đã đưa thái tử Vương Anh lên ngôi, tức vua Hi Tông.

Hi Tông quyết giành lại quyền lực từ tay Thôi Trung Hiến và trừ khử ông. Nhà vua đã phong cho ông nhiều tước vị cao quý và ban quyền tương đương với một vị vua. Hiến trở nên an tâm với vị vua mới. Tuy nhiên, cuộc binh biến thất bại, Thôi Trung Hiến chạy trốn được. Tức giận nên ông đã đày Hi Tông ra đảo Tử Yên, đưa anh họ của Hi Tông lên ngôi, tức vua Khang Tông. Ba cuộc nổi dậy chống lại Thôi Trung Hiến cũng nổ ra, một do người cháu gọi ông bằng cậu đứng đầu, Phác Tấn Tài, một của dân quân Tân La, một do các nông nô của ông lãnh đạo. Tất cả đều bị dẹp tan.

Khang Tông ở ngôi 2 năm thì mất, Thôi Trung Hiến đưa người con trai duy nhất của Khang Tông lên ngôi, tức Cao Ly Cao Tông. Thời gian này, quân Khiết Đan xâm lược và đã bị đánh bại bởi Thôi Vũ và Thôi Hướng, 2 người con trai của Thôi Trung Hiến.